Školovanje u Muzičkoj školi “STEVAN MOKRANJAC” obuhvata tri nivoa nastave, osnovno, srednje i visoko muzičko obrazovanje. Da bi se muzičko obrazovanje omogućilo i deci mlađeg uzrasta uveden je i pripremni razred.

U pripremni razred upisuju se deca sa pet, šest i sedam godina starosti i tokom školske godine imaju po dva časa muzičkog obrazovanja koje predstavlja teorijsku i praktičnu pripremu za polaganje prijemnog ispita i za ulazak u osnovnu muzičku školu. Najtalentovaniji učenici imaju mogućnost da već od početka drugog polugodišta odaberu instrument i započnu sa nastavom.
Osnovno muzičko obrazovanje na vokalno – instrumentalnom odseku u zavisnosti od instrumenta traje šest godina (klavir, violina, harmonika, gitara), četiri godine (duvački instrumenti – klarinet i truba) ili dve godine (solo pevanje).

Srednja muzička škola traje četiri godine a pored vokalno – instrumentalnog odseka postoji još i teoretski odsek. U srednjoj školi moguće je i sticanje opšteg obrazovanja kroz predmete koji su planom i programom predviđeni za učenike koji pohađaju samo muzičku školu.
Nastava se odvija na dve lokacije. U zgradi u ulici: Trg Đorđa Stanojevića 11 (Pedagoška akademija) gde rade uprava škole i srednje obrazovanje i u zgradi u ulici Srbe Jovanovića 6, gde je smešten deo osnovnog muzičkog obrazovanja.

Od školske 2011/2012. godine pri Muzičkoj školi u Negotinu,  u saradnji sa,jednim od najstarijih evropskih muzičkih konzervatoriuma, Praynerom iz Beča  i Akademijom lepih umetnosti iz Beograda otvoreno je i odeljenje muzičkih studija na odseku solo pevanja, harmonike, klavira, gitare, violine i dirigovanja.

Škola raspolaže potrebnim školskim prostorom i adekvatno je opremljena muzičkim instrumentima i ostalim savremenim nastavnim sredstvima. U protekle dva godine škola je obezbedila još jedan polukoncertni klavir, pet pianina, pet harmonika (dve baritonke),desetak violina i gitara. Adekvatan stručni kadar uz ostale uslove su i ovoga puta bili od presudnog značaja da Prayner donese pozitivnu odluku za otvaranje muzičkih studija u gradu velikog Mokranjca.